光緒五年（1879年）6月6日，李根源生于云南騰越（今云南梁河九保）。

　　光緒十年（1884年），李根源由祖母黃氏教讀《三字經(jīng)》 、《千字文》開(kāi)蒙。

　　光緒二十一年（1895年），李根源入騰沖來(lái)鳳書(shū)院讀書(shū)。

　　光緒二十四年（1898年），李根源應(yīng)永昌府試中秀才。

　　光緒二十六年（1900年） 5月，李根源赴省參加鄉(xiāng)試，因八國(guó)聯(lián)軍攻陷北京而停考 。

　　光緒二十九年（1903年），李根源晉省參加鄉(xiāng)試，但沒(méi)考中， 考入昆明高等學(xué)堂，從陳榮昌學(xué)習(xí)。

　　光緒三十年（1904年）8月，李根源考入公費(fèi)留日。11月，入振武學(xué)堂與士官學(xué)校。

　　光緒三十一年（1905年）7月，李根源到橫濱拜訪孫中山，隨后參加了東京召開(kāi)的同盟會(huì)的籌備大會(huì) [5] 。

　　光緒三十二年（1906年）1月，李根源任云南留日學(xué)生同鄉(xiāng)會(huì)會(huì)長(zhǎng)，《云南》雜志社經(jīng)理。

　　宣統(tǒng)元年（1909年）8月，李根源回國(guó)。9月26日，任云南講武堂監(jiān)督兼步兵科教官，旋升總辦，負(fù)責(zé)全權(quán)籌辦該校各項(xiàng)事宜。武昌起義后，與蔡鍔等發(fā)動(dòng)新軍響應(yīng)，成立大漢軍政府，任軍政總長(zhǎng)兼參議院院長(zhǎng)，繼任云南陸軍第二師師長(zhǎng)兼國(guó)民軍總統(tǒng)。

　　宣統(tǒng)三年（1911年）初，受命帶領(lǐng)辛丞貴等人深入片馬籌設(shè)邊防，深入小江流域勘察達(dá)半年有余，制成了《滇西兵要界務(wù)圖注》。8月，調(diào)離云南講武堂。在大理建立大理模范中學(xué)和永昌師范學(xué)校 。10月30日晚，李根源指揮駐守昆明的清軍第三十七協(xié)第73標(biāo)革命士兵，攻克昆明北門(mén)，攻占軍械局，占領(lǐng)五華山。起義勝利后成立了“大中華國(guó)云南軍都督府”，李根源擔(dān)任軍政部總長(zhǎng)兼參議院院長(zhǎng)。不久，李根源改任第二師師長(zhǎng)兼國(guó)民軍總統(tǒng)。

　　民國(guó)元年（1912年），創(chuàng)辦騰沖師范傳習(xí)所。7月10日 ，李根源在滇西通電解職。

　　民國(guó)一年（1913年）1月，國(guó)會(huì)議員選舉揭曉，李根源當(dāng)選為眾議員。2月初，李根源來(lái)到北京。不久，袁世凱密令抓捕李根源、鄒魯。李根源得到密報(bào)，急忙逃出北京，南下上海。根據(jù)孫中山、黃興的意見(jiàn)，李根源等人奉兩廣實(shí)力派領(lǐng)袖岑春煊趕往廣州，組織討袁軍。7月下旬，岑春煊、李根源等南下廣州。11月，袁世凱下令緝捕國(guó)民黨員，李根源避赴日本，入早稻田大學(xué)習(xí)政治經(jīng)濟(jì)。

　　民國(guó)三年（1915年）11月，李根從日本回到上海。12月24日，蔡鍔、唐繼堯等通電護(hù)國(guó)， “護(hù)國(guó)戰(zhàn)爭(zhēng)”開(kāi)始。這期間，李根源回到香港，組織反袁機(jī)關(guān)。他在香港接應(yīng)蔡鍔，并安排他返回昆明。

　　民國(guó)四年（1916年）3月上旬，李根源與梁?jiǎn)⒊谙愀塾懻摿顺闪⒛戏杰妱?wù)院的計(jì)劃。5月1日，護(hù)國(guó)軍 “兩廣都司令部”宣布在廣東肇慶成立。岑春煊被推舉為兩廣護(hù)國(guó)軍都司令，梁?jiǎn)⒊瑸槎紖⒅\，李根源為副參謀。李根源被北洋政府總統(tǒng)黎元洪任命為陜西省省長(zhǎng)。

　　民國(guó)六年（1917年）2月20日，李根源到任陜西省長(zhǎng)。5月26日，段祺瑞被黎元洪免職，陜西督軍陳樹(shù)藩于31日通電宣布陜西獨(dú)立，脫離中央，李根源拒絕在通電稿上簽字，被拘禁在西安土地廟街。10月21日，被監(jiān)送離陜。

　　民國(guó)七年（1918年），南下廣州，歷任駐粵滇軍總司令，督辦廣東海疆防務(wù)，雷瓊鎮(zhèn)守使等職。

　　民國(guó)十一年（1922年）9月26 日，黎元洪特任李根源為北洋政府航空督辦。11月29日，任命李根源為北洋政府農(nóng)商總長(zhǎng)。

　　民國(guó)十二年（1923年），因反對(duì)曹錕賄選總統(tǒng)，李根源辭去其國(guó)會(huì)代表職，隱居吳中。

　　民國(guó)十六年（1927年），葬母親闕氏于藏書(shū)小王山，建闕塋精舍，經(jīng)營(yíng)“松?！笔啊?/p>

　　民國(guó)二十年（1931年），擔(dān)任《吳縣志》總纂，并撰冢墓、金石卷。同時(shí)，擔(dān)任吳中保墓會(huì)會(huì)長(zhǎng)，創(chuàng)辦“善人橋農(nóng)村改進(jìn)會(huì)”、闕塋小學(xué)、成人學(xué)校。被國(guó)民政府聘為國(guó)難會(huì)議議員。

　　民國(guó)二十五年（1936年），為營(yíng)救“七君子”而奔走。

　　民國(guó)二十七年（1938年）夏，李根源回到云南，被聘為省 政府顧問(wèn)。

　　民國(guó)二十八年（1939年），應(yīng)國(guó)民黨政府監(jiān)察院院長(zhǎng)、好友于右任力請(qǐng)，出任云貴監(jiān)察使，擔(dān)任騰沖益群中學(xué)董事會(huì)董事長(zhǎng)。

　　民國(guó)二十九年（1940年）春，李根源返回昆明就任云貴監(jiān)察使職。

　　民國(guó)三十年（1941年），擔(dān)任騰沖茶葉講習(xí)所名譽(yù)所長(zhǎng)。

　　民國(guó)三十一年（1942年）5月24日，李根源從昆明啟程，5月28日到達(dá)保山。6月2日，李根源的駐地由臥佛寺遷往龍王塘。6月7日，李根源主持在金雞小學(xué)文昌宮召開(kāi)軍民動(dòng)員大會(huì)。7月3日，李根源離開(kāi)板橋前往大理，并在界頭正式宣誓就任騰沖縣抗日縣長(zhǎng)，并成立了“國(guó)民黨軍事委員會(huì)滇西戰(zhàn)時(shí)干部訓(xùn)練團(tuán)”。

　　民國(guó)三十二年（1943年）3月，李根源奉命回陪都重慶述職，此后即留住重慶。

　　民國(guó)三十四年（1945年）初，抗戰(zhàn)勝利，李根源辭去了云貴監(jiān)察使之職，回到云南騰沖，即積極倡導(dǎo)修建騰沖國(guó)殤墓園。擔(dān)任騰沖私立高級(jí)商科職業(yè)學(xué)校董事會(huì)董事長(zhǎng)。

　　1950年6月，李根源應(yīng)中央人民政府的邀請(qǐng)，從昆明乘飛機(jī)前往北京列席政協(xié)全國(guó)委員會(huì)第一屆全體會(huì)議。

　　1965年7月5日，病逝于北京，骨灰安葬于藏書(shū)小王山。